（一）办公室

负责中心文电、会务、行政档案、机要、保密、安全、信访、信息化、新闻宣传、交流合作、应急值守等工作。负责中心财务、后勤、资产管理、采购等工作。承办中心交办的其他事项。

（二）业务管理科

负责中心检查业务的综合管理工作。负责检查业务对外联络协调工作。承办中心交办的其他事项。

（三）检查员管理科

负责省级药品检查员的日常管理和使用工作。承办中心交办的其他事项。

（四）质量管理科

负责中心质量管理体系建设及运行工作。负责中心科研规划、业务档案管理、技术检查质量督查和报告评估等工作。承办中心交办的其他事项。

（五）检查一科

负责疫苗、生物制品、血液制品生产环节技术检查工作，承担其他技术检查工作。承担疫苗派驻检查工作。承办中心交办的其他事项。

（六）检查二科

负责化学药品生产环节技术检查工作，承担其他技术检查工作。承办中心交办的其他事项。

（七）检查三科

负责中药生产环节技术检查工作，承担其他技术检查工作。承办中心交办的其他事项。

（八）检查四科

负责特殊药品、化妆品生产环节技术检查工作，承担其他技术检查工作。承办中心交办的其他事项。

（九）检查五科

负责药品流通环节技术检查工作，承担其他技术检查工作。承办中心交办的其他事项。

（十）检查六科

负责医疗器械生产环节专项技术检查工作，承担其他技术检查工作。承办中心交办的其他事项。

（十一）检查七科

负责医疗器械生产环节飞行技术检查工作，承担其他技术检查工作。承办中心交办的其他事项。

（十二）党务纪检科(人事科)

负责中心党的组织建设、党风廉政建设、群团工作。负责中心纪律检查工作。负责中心干部人事管理工作。承办中心交办的其他事项。